iOSアプリのビルド設定にある"iOS Deployment Target*1"で特定のバージョンを指定することで、アプリをインストールできるiOSバージョンを"iOS x.以降"にすることができます。
iTunesではこのように表示されます。
iOS7.0リリースに合わせ、アプリの旧バージョンが古いiOSバージョンをDeployment Targetにしている場合に、App Storeから旧バージョンをダウンロード、インストールできるようになりました。
ただしこの挙動はiOS端末上のApp Storeでダウンロードしようとしたときのみで、PCのiTunesで同期によりインストールすることはできないようです（Mac OS X の iTunes 11.1で確認）。
実際の挙動は "電エースQuiz - 河崎実監督と特撮映画の世界" で確認できます*2
旧バージョンのダウンロードを抑止する
もし何らかの理由で旧バージョンのアプリを新規にインストールされることを抑止したい場合、iTunes Connectで設定可能なようです*3
iTunes Connect -> "Manage Your Apps" -> アプリ選択 -> "Rights and Pricing" -> "Indicate a legal issue with iCloud for this app"をクリックすると、旧バージョンのダウンロードを抑止するチェックボックスが表示されます。
ここに各バージョンのiOS Deployment Targetを表示してくれれば尚よかったのですけど。
